詳しい状況を説明して頂ければ対応できるかもしれません。詳しくないことは分かりません。

EACのバグです。メリケン製なので日本語の動作はアレです。手でファイル名を修正してください。
logのファイル名以外に問題になることは無いと思いますので、そこだけ注意しておけばOKです。

-「ソ」系ダメ文字
　ソЫ�\噂浬欺圭構蚕十申曾箪貼能表暴予禄兔喀媾彌拿杤歃濬畚秉綵臀藹觸軆鐔饅鷭�x�x�\�\
-「ポ」系ダメ文字
　ポл榎掛弓芸鋼旨楯酢掃竹倒培怖翻慾處嘶斈忿掟桍毫烟痞窩縹艚蛞諫轎閖驂黥�|�|

　自動的に文字化けしたファイル名を検索するように修正したので、特に問題は起きないはずです。
　もし何か問題があればバグです。

foobar2000のコンポーネントに、「ファイル名の"フルパス"に日本語文字が含まれていると表示できない」
というバグがあります。修正されることを期待するか、自分でコンポーネントを作成してください。
->http://www.hydrogenaudio.org/forums/index.php?showtopic=54138

CD-EXTRA仕様の音楽CDでは、リッピングされないデータ部分も1トラックとしてEACは数えます。
これがカウントされてしまうので、flacencodeの時点では1トラック数多く数えられてしまいます。
flacrename, flaconvertでは正しい数値になっているはずです。
気が向いたら修正します。気が向かなければそのままです。

　TAKにも対応しましたよ。apeは重たいから嫌い。tta使うくらいならTAKで。wavpackはよく知らない。